Référentiels et gestion des données AMF
Conventions des noms scientifiques
(Extraits d'une réponse de perplexity, notés ici pour mémoire avant remise et forme).
Les conventions officielles pour les noms scientifiques en botanique et mycologie suivent le Code international de nomenclature pour les algues, les champignons et les plantes (CIN, anciennement CINB). Voici les points essentiels concernant la forme des noms et les usages typographiques actuels :
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Pour les taxons infra-spécifiques (sous-espèces, variétés, formes…) :
- Il faut toujours mettre un espace entre l’abréviation du rang (ex. : « var. », « f. », « subsp. ») et l’épithète correspondante.
- Exemples corrects :
- Amanita muscaria var. alba
- Agaricus bisporus f. albidus
- Il ne faut donc jamais coller « var. » ou « f. » directement au nom infra-spécifique (« var.alba » est faux).
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Pour la chaîne des auteurs :
- Les noms d’auteurs doivent toujours être séparés par une espace ou éventuellement une virgule ou un « et », selon les cas.
- Exemple réglementaire : Agaricus campestris L., Coprinellus micaceus (Bull.) Vilgalys, Hopple & Jacq. Johnson
- Il ne faut pas supprimer les espaces dans la citation des auteurs : « Amanita muscaria Pers. » (et non « Amanita muscariaPers. »).
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Autres points importants :
- Le nom du genre commence par une majuscule, tandis que l’épithète spécifique et toutes les épithètes infra-spécifiques commencent par une minuscule.
- Chaque abréviation de rang est suivie d’un point (« var. », « subsp. », « f. »...).
- Les différents éléments du nom doivent être séparés par des espaces simples (pas de tiret ou d’accolades entre genre, espèce, rang, etc.).
En synthèse :
- Espace obligatoire après « var. », « f. », etc.
- Espaces à garder entre la chaîne des auteurs et avant chaque auteur supplémentaire.
Ces règles garantissent la lisibilité et l’universalité des noms scientifiques.
Quelques sources :
- Nomenclature botanique : https://fr.wikipedia.org/wiki/Nomenclature_botanique
- Nom binomial (historique) : https://fr.wikipedia.org/wiki/Nom_binominal
- Nom trinomial : https://fr.wikipedia.org/wiki/Nom_trinominal
- CINAP : https://fr.wikipedia.org/wiki/Code_international_de_nomenclature_pour_les_algues,_les_champignons_et_les_plantes
- Le Code de Madrid est prévu en juillet 2025 (i.e d'ici septembre) par l’IAPT, suivant les décisions du congrès de 2024 (https://www.iaptglobal.org/madric-code-online).
- Code de Shenzhen (2018) : https://www.iapt-taxon.org/files/Code_Shenzhen_fr_1_0_0.pdf
- classification - Mycologie et lichénologie en Catalogne : http://mycologie.catalogne.free.fr/classification.htm
Gestion des données de l'AMF
(todo à compléter)
La base de données sqlite
- Lister ici les différentes tables (d'origine sqlite ou YAML)
- nombre de fiches par table
Les fichiers YAML
Lister les fichiers YAML et leur dates de modif
TODO créer une méthode mdlib avec le résultat d'un ls -k gpat
Les fichiers Excel
Les répertoires d'inventaires excel :
- OVH: https://www.champignons77.org/var/refs/inventaires/?C=M;O=D
- MINISME/ https://amf.minisme.fr/var/refs/inventaires/?C=M;O=D
- LOCAL: https://champignons77.org/refs/inventaires/?C=M;O=D
TODO
Compte tenu de l'interdiction en lecture (effective parfois, futures à coup sûr) d'un répertoire distant, il faudra afficher ici le liste d'une sélection de fichier excels avec leur date de modificaion (au moins AMreF et année courante).
Afficher également le date des backups des répertoires d'inventaires sur le serveur (s'il y en a).